Sebagai daerah yang cukup subur, Maluku tentu saja mengundang kedatangan kaum migrant dari berbagai kawasan yang menimbulkan gelombang perpindahan dan menghasilkan percampuran kebudayaan antara penghuni lama/asli dengan suku-suku pendatang yang kemudian melahirkan suku-suku baru, seperti suku Alune dan suku Wemale yang mendiami Pulau-pulau seram, Buru, dan Halmahera yang di duga merupakan nenek moyang suku-suku Alifuru, Togifil, dan Furu-Aru.Pada awal abad ke-7 pelaut-pelaut dari daratan Cina pada masa Dinasti Tang, telah menyinggahi daerah-daerah di kepulauan Maluku untuk mencari rempah-rempah, namun mereka merahasiakannya agar tidak diketahui oleh bangsa-bangsa lain dalam mencari rempah- rempah itu.
Pada jaman keemasan Kerajaan Sriwijaya di Abad ke-12, Kepulauan Maluku termasuk dalam wilayah kekuasaan kerajaan itu. Pada Abad ke-14, Majapahit mengambil alih kekuasaan maritime di hamper seluruh wilayah Asia Tenggara, termasuk pula Kepulauan Maluku. Para pedagarng dari Eropa, seperti Portugis, Spanyol, dan Belanda baru menemukan jalan ke Kepulauan Maluku pada Abad ke-16.Masuknya agama Islam melalui pedagang-pedagang dari Aceh, Malaka, dan Gresik pada Abad ke-14 dan ke-15 turut memperkenalkan bentuk pemerintahan yang lebih rapi dan teratur, seperti pada Kesultanan Ternate, Tidore, Bacan serta Jailolo. Pada tahun 1512, bangsa Portugis yang telah menemukan jalan ke Kepulauan Maluku dan menjalin persahabatan dengan Kesultanan Ternate, diberi izin untuk mendirikan benteng di Pikapoli dan Hitulama serta Mamala. Sembilan tahun kemudian, Spanyol mulai menapakkan kaki di Kepulauan Maluku dan mendirikan benteng di Tidore.Tahun 1570, karena kalah perang dengan Kesultanan Ternate yang diperintahkan Sultan Baabullah, Portugis diusir dari Ternate dan pindah ke Ambon. Tahun 1577 armada Inggris tiba di Ternate. Bangsa Belanda pun mulai mengincar Maluku dan membantu Hitu dalam perang melawan Portugis di Ambon dan Portugis akhirnya dapat dikalahkan dan harus menyerahkan benteng pertahanannya yang ada di Ambon kepada Belanda, demikian pula dengan bentent Inggris di Kambelo-Pulau Seram. Sejak saat itu, Belanda menguasai sebagian besar kepulauan Maluku. Posisi Belanda semakin kuat dengan berdirinya VOC pada tahun 1602 sehingga Belanda praktis menjadi pemegang monopoli perdagangan rempah-rempah di Kepulauan Maluku. Untuk memperkuat kedudukannya di Maluku, Belanda membentuk badan administratif yang disebut Governement van Amboina, demikian pula di Banda, Kei, Aru, Tanimbar serta teon-Nila Serua yang berada di bawah pengawasan Governement van Banda.System monopoli yang diterapkan Belanda dalam perdagangan rempah-rempah lambat laun mengundang perlawanan rakyat Maluku yang merasa tidak suka dengan penerapan system monopoli tersebut, sehingga muncullah perlawanan rakyat dimana-mana terhadap belanda. Tahun 1643 Kakiali mengobarkan perlawanan terhadap Belanda. Tahun 1644 Tulukabessy dan Fatiwani bangkit melawan Belanda, namun pada tahun 1646 perlawanan rakyat itu dapat dihancurkan Belanda dan Tulukabessy dihukum gantung di Benteng Victoria pada tahun 1648.Situasi Eropa turut mempengaruhi keadaan tanah jajahan Belanda di Nusantara tidak terkecuali di kepulauan Maluku. Tahun 1795, Kerajaan Belanda ditaklukkan oleh Perancis dan pada tahun 1799 VOC di bubarkan. Pada tahun 1810, Kerajaan Belanda menjadi bagian dari Kerajaan Perancis. Kondisi ini sangat berpengaruh bagi kekuasaan Belanda di Kepulauan Maluku. Tahun 1810 kekuasaan Belanda di Maluku jatuh ke tangan Inggris. Inggris Menguasai Maluku sejak tahun 1811 - 1817Tahun 1814, sesuai Konvensi London, Inggris harus mengembalikan daerah-daerah jajahan yang direbutnya itu kepada Belanda. Tahun 1817, Belanda mulai mengatur kembali pemerintahannya di Maluku dan menyatukannya dalam satu government, yaitu Governement de Molukken.
(Sumber: malukuprov.go.id)